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董事会作为西湖大学的最高决策机构,对学校重大事项进行研究、讨论和审批。2018年4月16日,首届西湖大学董事会成立,任期四年。2022年4月17日,第二届董事会召开第一次会议。董事会名誉主席由诺贝尔物理学奖获得者、中国科学院院士杨振宁担任,董事会主席由清华大学经济管理学院第四任院长、文科资深教授钱颖一担任,董事会副主席由牧原食品股份有限公司董事长秦英林担任。
监事会负责检查学校财务、人事、教学等办学管理工作,监督、纠正违反法律法规、损害学校利益的行为。监事会成员为师恩政、赵伟、周星星,监事会主席由赵伟担任。
按照民办教育促进法和西湖大学章程的规定,依规设立中共西湖大学委员会,积极发挥党组织在学校办学中的政治核心和思想引领作用。董清源担任党委书记,孙幼幼担任党委副书记,马进喜担任纪委书记。
学术委员会是学校的最高学术机构,负责学术事务的决策、审议、评定和咨询等事项。学术委员会遵循学术规律,尊重学术自由、学术平等,鼓励学术创新,促进学术发展和人才培养,提高学术质量保障教师、科研人员和学生在教学、科研和学术事务管理中充分发挥主体作用,促进学校科学发展。第一届学术委员会主任由邓力教授担任。