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西湖大学实行董事会领导下的校长负责制。董事会为学校最高决策机构，同时设立监事会、顾问委员会、校务委员会和学术委员会等。依规设立中共西湖大学委员会，充分发挥政治核心作用，把握社会主义办学方向，参与学校重大事项决策管理。
董事会作为西湖大学的最高决策机构，对学校重大事项进行研究、讨论和审批。2018年4月16日，首届西湖大学董事会成立，任期四年。2022年4月17日，第二届董事会召开第一次会议。董事会名誉主席由诺贝尔物理学奖获得者、中国科学院院士杨振宁担任，董事会主席由清华大学经济管理学院第四任院长、文科资深教授钱颖一担任，董事会副主席由牧原食品股份有限公司董事长秦英林担任。
监事会
监事会
监事会负责检查学校财务、人事、教学等办学管理工作，监督、纠正违反法律法规、损害学校利益的行为。监事会成员为师恩政、赵伟、周星星，监事会主席由赵伟担任。
中共西湖大学委员会
中共西湖大学委员会
按照民办教育促进法和西湖大学章程的规定，依规设立中共西湖大学委员会，积极发挥党组织在学校办学中的政治核心和思想引领作用。董清源担任党委书记，孙幼幼担任党委副书记，马进喜担任纪委书记。
校务委员会
校务委员会
校务委员会是学校内部最高行政执行机